僕は座席指定する際に、極力隣に誰も座らない様に工夫しています。
満席や混雑しているフライトでは無理ですが、空席が少しでも目立つ便では、最後の最後までシートマップと睨み合わせをして、必要に応じて座席を替えています。
航空会社によっては一度オンラインチェックインを実施すると座席変更ができないため、基本空港に着くまでできるだけチェックインはしません。
ただし、事前に隣席ブロックが確定した時は例外です。
隣席ブロックとは何かは過去記事に記載しています。
座席の配置が確定する瞬間は「Boarding Completed」アナウンスがされた時
大抵どの航空会社も、出発直前はクルーより「Boarding Completed」(=搭乗完了)とアナウンスがされます。
日系はどうだったかな?
全ての乗客が搭乗したコールで、この後ドアが閉まり、離陸の準備へと向かいます。
この時、もし隣の座席が空いていた場合は「やったぜ!」とホッとします。

座席移動するのであればこの時以降
このアナウンスがされてもすぐに出発をしないので、もし変な座席にアサインされて(例えば、真ん中3列ブロックの真ん中席など)、周辺に条件の良い座席に空席が確認できるのであれば、移動するのもありです。
一言クルーに許可を取れれば尚更良いですね。
空席でも座れないシートはある
一部航空会社では、指定を有料としている足元の広い非常口座席や前列席を、空席であっても開放していない場合があります。
セブパシフィック航空では、一番後ろの2列ぐらいはクルーの専用休憩エリアになっている場合があります。
お断りを入れれば座らせてくれるかもしれませんが、やはり変にそのセクションだけ空席が固まっている場合にはクルーに確認した方が良いでしょう。

気をつけた方が良い座席
例えば2−4−2配列シートで、4列ブロックの真ん中に座席が指定されたとしましょう。
窓際と通路側席で構成される2列ブロックの通路側に空席がありました。
明らかに、真ん中よりも条件が良いので、通路側の座席に移りたくなると思います。
ここで気をつけなければならないのは、「誰かの隣」に座る事。
隣席ブロックされた座席の可能性もあるし、筆者みたいにせっかく工夫して確保できた隣席が取られた!なんて窓際の人が不機嫌になる可能性あります(ま、そんな権利無いですけどねw)。
一度あった隣席ブロックされた座席に図々しい乗客がやってきた話
ほぼ満席に近いエチオピア航空のフライトでシンガポールからアディスアベバへ移動した際の体験談。
機内後方、3−3−3配列シートの、真ん中3列ブロックの通路側座席を確保していました。
運が良く、当時スタアラゴールド会員だったため隣席がブロックされ、それだけで無く反対側の通路側もアナウンス時に誰も座らなかったのでこれはラッキー!足伸ばして寝られるぞ!と期待していました・・・
が、直後に通路側に中年の女性が座り始めました。
まぁそこはしょうがない。
が、いつの間にか今度は空いていた真ん中の座席に頭を突っ込んできて、自分の太ももの部分にくっつけているぐらい!!
まぁ臭い足を向けられるよりは良いですが、なんて図々しいのでしょう!!

隣席ブロックされた座席は主張する特権はあるか?
非常に難しい問題です。
この様に航空会社によって上級会員に与えられた隣の空席に誰かが座ってしまった場合、無料である以上はあまり強く言えるものでは無いかなぁ、と思います。
どの航空会社も、隣席ブロック制度は公表していません。
一般化されているJALやANAでさえ、です。
会員ステータスに関わらず、有料で確保した場合は、もちろん特権と考えて良いと思います(ターキッシュエアラインズなど一部航空会社ではわずかな金額で隣席ブロックを確保する事が可能)。
流石に先程紹介したエチオピア航空の件でも、「ここは俺の席だから!」とは言えないし、クルーを呼んでまで争う事でも無いでしょう。
まとめ
もし隣に座席がある場合、窓際族でトイレが近い身としてはできるだけ隣に人が居ない方が嬉しい!実際空席のまま「搭乗完了」のアナウンスが流れるとホッとします。同時に、もし都合の悪い座席が充てられた際にはこの時から座席移動する事が可能です。その際一応クルーにお断りを伝えとくのがベストです。